Oligo dT磁珠:多功能核酸捕获工
应用场景一:mRNA纯化
mRNA是一类携带遗传信息且能指导蛋白质合成的单链核糖核酸,满足合成各种蛋白质的所有遗传信息的要求。许多研究发现,mRNA可作为许多疾病诊断的工具,包括肿瘤、胃肠道疾病、心血管疾病、关节炎、中枢神经系统疾病等。
mRNA序列由5个关键结构元件组成:5'帽结构(Cap)、5'非翻译区(UTR)、编码区(CDS)、3'非翻译区(UTR)和poly(A)尾巴。(图1)
图1.mRNA结构示意图
Oligo dT磁珠是最常用的mRNA捕获载体之一,其表面的oligo dT与真核生物mRNA的poly A尾互补配对,能够快速高效地从总RNA、细胞裂解物或带有poly A尾的体外转录RNA样本中分离纯化mRNA,下游应用于PCR检测和建库测序。
图2.mRNA的qPCR或建库测序检测流程图
应用场景二:核酸探针捕获
Oligo dT磁珠的另一类广泛应用,即固定poly(A)标记的核酸探针,进行目标序列核酸捕获,下游应用于qPCR检测。
图3.目标核酸的qPCR检测流程图
核酸探针和磁珠固定的方法有共价、亲和作用、碱基互补配对、离子或偶极作用等方式,根据用于场景不同各有优缺点。目前也有一些分子诊断试剂开发企业选择oligo dT磁珠作为核酸探针固定的载体。
表1. 磁珠表面核酸探针固定的技术之间的比较
Oligo dT-poly A 碱基互补配对系统 | SA-biotin 亲和系统 | 共价固定系统 | |
探针修饰 | Poly A | 生物素 | NH2 |
磁珠 | Oligo dT磁珠 | SA磁珠 | 羧基磁珠 |
优点 | 技术门槛低 特异性高 稳定性好 | 技术门槛低 反应速度快 | 非特异吸附少 成本低
|
缺点 | 成本略高 探针需要poly A标记 | 成本略高 探针需要生物素标记 | 技术门槛高 |
一些分子诊断技术是利用oligo dT磁珠固定肽-寡核苷酸,分离纯化血清中HBV DNA。研究结果显示oligo dT磁珠的灵敏度比常规方法的灵敏度高100倍,且核酸的完整好,实验结果重复性高CV达到0.05%。
磁珠推荐
BeaverBeads® Oligo(dT)磁珠表面共价偶联 Oligo(dT),可高效地从真核生物总RNA或直接从动植物组织或细胞裂解物中快速分离出完整、高纯度的mRNA;也可固定poly(A)标记的核酸探针,用于目标序列核酸的捕获
分离得到的mRNA和靶标核酸可用于多种分子生物学实验:RT-PCR、固相cDNA 文库构建、RACE、Northern等。
产品特点:
a) 表面活性位点丰富,mRNA捕获效率高
b) 表面特殊封闭,非特异性吸附低
c) 超顺磁性微球,可配套自动化设备实现高通量操作
d) 工业化规模生产,批次稳定
图4.oligo dT磁珠结构示意图
mRNA纯化数据:
样本:人细胞Total RNA
上样量:300ng Total RNA
磁珠用量:20-50uL
实验结果:
靶标 | 磁珠 | Mean Ct |
GAPDH mRNA | 进口品牌 | 22.56 |
BEAVER | 22.62 | |
18S rRNA | 进口品牌 | 26.06 |
BEAVER | 26.19 |
实验操作过程中,BeaverBeads Oligo (dT)磁珠的悬浮性与进口品牌相当。从人细胞total RNA样本中纯化mRNA,采用荧光定量PCR对样本进行定量检测,对mRNA(特异性)和sRNA(非特异性)检测的Ct值偏差<0.1,两品牌磁珠无明显差异。
产品名称 | 货号 | 规格 | 载量 | 应用给推荐 |
BeaverBeads® Oligo(dT) | 70431 | 1μm,5mg/mL | >2μg mRNA/mg磁珠 | mRNA捕获、mRNA疫苗加尾分布检测 核酸探针捕获 |
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